4、那個醫生為什麼說沒日記的存在？
由於他不小心炸死女主角，就沒有之後的生活片段，沒有那些日記。最後只能通過錄像回到未出生時。
5、結尾有個旁白說的是「在3次胎死腹中後」，如何解釋？
之前主角媽媽說，他應該之前有過2個哥哥，這樣看來主角的2個哥哥也就級有可能走上了和主角相同的命運，主角既是第3次胎死腹中。
6、日記本的數量問題？
越來越少，他媽帶日記來監獄，只有兩本；截肢的時候，只有一本（截肢前寫的）；醫生的時候，沒有。蝴蝶效應，改變了過去，日記本的數量相應改變。
7、是否是主角讓胖子藍尼殺了湯米，否則後來藍尼怎麼會問：「你給我那個利器的時候就知道會出紕漏」？
絕對不是主角讓胖子藍尼殺了湯米，之前湯米讓藍尼去放置的雷管，所以，那對母子的死對湯米打擊巨大，導致他當即昏倒。之後主角遞給湯米那個利器，要求他割斷袋子上的繩子救出小狗，並對他說：「這樣至少可以減少你的負罪感」，藍尼看到湯米要燒小狗，加上雷管的事，對湯米的憎恨劇增，因而一時沖動殺了他。至於後來藍尼怎麼會問：「你給我那個利器的時候就知道會出紕漏」？很多人都會對自己做過的錯事進行反思，因為的確是主角遞給湯米那個利器，湯米自然會對這點產生疑問。
8、有幾次回到過去並沒有改變未來？
4次。
(1)、在宿舍念日記，突然回到湯米燒他的狗的場景，問了一句「我在哪裏」，但狗還是被燒死。
(2)、有些試試看的想法，結果確實回到了爆炸現場，煙頭在他肚子上燒了個傷疤，而且「帶回」現實中。
(3)、是回到畫畫的時候，弄傷自己的手，留下個傷疤，而且「帶回」現實中。
(4)、回到廚房拿刀的時候，被媽媽驚醒。
以上情形只能解釋為事情過小不能對未來的發展方向產生足夠的影響，因而並沒有改變未來。
9、小時候畫了那張殺人的畫怎麼解釋呢？
小時候那張殺人的畫當然是未來的他回去畫的，因為那時他已經有了殺死了兩個罪犯的想法，所以在回去刺傷雙手留下疤痕之前畫了那幅畫。這也說明了為什麼小時候他根本不記得為什麼畫了那幅畫，因為那是未來的他畫的；同理，他回廚房裏拿刀准備去毀了炸藥時，他媽過來了，驚醒後不記得為什麼拿刀了，一個意思。
2《蝴蝶效應》疑問大全
10、主角父親為何要殺自己的兒子？
因為他知道越改變會越糟，他兒子也會一樣，並且有可能會傷害他妻子，所以他決心殺自己的兒子。
11、回到畫畫的時候，弄傷自己的手為何未改變未來，是否不符合蝴蝶效應？
兩個疑問：
1、現實中，刺穿自己的手如此重傷必然會去醫院，依照蝴蝶效應，這點將足夠被無限放大直至影響未來，但未來只是留下傷疤，是否不符合邏輯？
2、另外，主角弄傷自己的手是想留下傷疤給牢友看，好讓牢友相信他，幫助他要回日記，讓他改變過去可以使現在的他不用坐牢，這裏有個問題，既然已經回到畫畫時的過去，為什麼只用這個機會只去留一個傷疤，而不在畫畫時做一件不同於過去但足夠可以改變未來的事？這樣他依然不用坐牢。
這個問題也是網友們爭議最多的，可以這樣解釋，這個回去的機會，與拿刀准備去毀了炸藥時被媽媽阻止的那次機會差不多，兩個機會都是不具備絕對可以改變未來的機會。兩者都會回到過去，但是都沒有真正起到改變未來的作用，也就是說畫畫這段短暫喪失的記憶，所能給主角改變未來的機會僅僅是能給他留下兩個傷疤而已，只是比那次廚房裏拿刀准備去毀了炸藥好一些，因為那次媽媽阻止了他，沒有機會。同理，這次機會之短暫加上各種客觀因素，使他只能留下傷疤，看起來，他自己也很明白這點，因而要求牢友看清他的變化，以獲取信任。
12、平行宇宙是否能解釋《蝴蝶效應》？
盡管這樣，有些情節還是無法解釋：
比如：在醫生那裏做催眠，為何不能回憶起，導致第一次流鼻血；又如：煙頭掉在衣服上，在他肚子上燒了一個疤痕，如果這次回去改變了童年，使肚子上燒了一個疤痕，那為何七年後才發現；同理，回去改變了童年，刺穿自己的手，使手上有了兩個疤痕，為何當著牢友的面才出現，那童年時應該就有疤痕啊？去哪了？難道是拋棄了過程只看結果？
用平行宇宙來解釋就有答案，首先看看主角回去過去了幾次：
(1)、在宿舍念日記，突然回到湯米燒他的狗的場景，問了一句「我在哪裏」，但狗還是被燒死。
(2)、回到爆炸事件的現場，煙頭掉在衣服上，在他肚子上燒了一個疤痕，雷管爆炸，蘭尼被嚇傻了，回來後，發現肚子上確實有個疤痕。
(3)、凱麗自殺後，念日記，回到凱麗家地下室，凱麗的父親讓他們脫掉衣服，埃文告訴他，應該愛護凱麗，不要再碰凱麗，要多關心湯米，回來後，和凱麗在一起；殺死了湯米；到監獄。